한 학교 실험실이 지역 변종에 대한 모니터링을 돕겠다고 나섰습니다.

베일러 중등학교(Baylor School)의 베일러 난해성 분자 실험실(Baylor Esoteric and Molecular Laboratory)에 소속된 던 리차즈(Dawn Richards) 및 엘리자베스 포레스터(Elizabeth Forrester) 박사는 지역의 SARS-CoV-2 유전자 감시 노력을 개선하는 데 전념하고 있습니다. 채터누가시에 위치한 사립 중등학교와 연계된 이 실험실은 해밀턴 카운티 인구에 대한 qPCR 기반 검사의 진행에 이미 중요한 역할을 하고 있으며, 지역 내 첫 B.1.1.7 균주 사례를 발견한 이후 NGS를 도입하여 역량을 확대하기로 결정했습니다. 채터누가 지역 주변 인구에서 새로운 변종의 확산과 출현을 지속적으로 모니터링하는 통합 워크플로우를 구축하는 것이 목표였습니다. 하지만 관련 정보를 제때에 지역 보건당국에 제공한 학교 실험실이 지역 변종에 대한 모니터링을 돕겠다고 나섰습니다.하여 중대한 의사결정을 지원하기 위해서는 빠른 시간 안에 검사를 해야 할 필요가 있습니다. 베일러 중등학교의 교사이자 베일러 난해성 분자 실험실의 책임자인 포레스터 박사는 이런 어려움을 잘 알고 있기 때문에 Genexus System이 필요하다고 생각했습니다. “표준실험실에 검사를 위탁하면 결과를 얻기까지 수주가 걸립니다. Genexus System을 사용하면 24–48 시간 안에 공중보건 관계자에게 염기서열 결과를 공유할 수 있습니다.” 실험실은 SARS-CoV-2 분석 워크플로우와 함께 Genexus System의 Ion AmpliSeq™ SARS-CoV-2 Research Panel을 사용하여, 이제 하루도 채 안 되는 기간 안에 추출된 샘플에서 30 kb 바이러스 게놈의 공통서열 분석까지 진행할 수 있게 되었습니다.

2021년 2월, 일본 최초의 P.1 변이형이 Genexus System의 AmpliSeq SARS-CoV-2 Research Panel로 확인되었습니다.

일본 야마나시현 중앙병원의 게놈분석센터에 소속된 히로쓰 요스케 박사는 브라질에서 처음 확인된 P.1 SARS- CoV-2 변종이 처음으로 일본에서 발견되었다고 보고했습니다. 염기서열 분석 결과, 20J/501Y.V3(P.1 혈통)의 SARS-CoV-2 균주는 missense variant 22개, synonymous variant 10개, intergenic region의 variant 3개, frameshift variant 1개, 그리고 in-frame variant 1개를 포함하여 총 37개의 변이를 가지고 있었습니다. 스파이크 단백질을 코딩하는 S 유전자에서는 12개의 missense variant (L18F, T20N, P26S, D138Y, R190S, K417T, E484K, N501Y, D614G, H655Y, T1027I, and V1176F)가 확인되었습니다. 이 변이들은 이전에 브라질에서 발견된 P.1 변이형과 완전히 일치했습니다. 스파이크 단백질의 RBD 영역에서는 3개의 변이(K417T, E484K, and N501Y)가 확인되었습니다. 이 결과는 일본에 20J/501Y.V3(P.1 혈통)와 관련된 바이러스주가 새로 나타났음을 시사합니다. 연구진은 Genexus System 사용 경험에 대해 매우 흡족하다고 평가했습니다. 현재까지 샘플 135개를 분석하였으며 133개에 대한 결과를 확인하였습니다. 2건은 바이러스 양이 매우 적었던 검체입니다. 연구진은 특히 사용하기 쉽다는 장점과 빠른 TAT에 대해 높은 만족도를 나타내었습니다.