강남세브란스병원 진단검사의학과에서는 2019년 8월부터 조직을 얻기 어려운 진행성, 전이성, 재발성 고형암 환자를 대상으로 진단, 치료 및 예후 판정 등에 임상적으로 유용한 체세포 돌연변이를 검출하기 위한 목적으로 Oncomine pan￾cancer cell-free assay 및 AmpliSeq HD 기반 custom 패널을 함께 사용하여 cell free tumor (ct) DNA/RNA NGS 패널 검사를 시행하고 있다. 최근 상품화되어 있는 참조 물질들을 활용하면 검출한계 부근의 대립유전자 빈도를 가진 변이나, 염기서열변이 이외에 카피수변이, 융합변이 등 다른 종류의 변이까지 분석적 성능 검증이 가능하기 때문에 여기에서는 이러한 기술적 검증 자료보다는 저자가 경험한 실제 환자 결과를 공유하고자 한다.

ctDNA는 조혈 세포 등 비종양성 세포 유리 핵산에 의해 희석되거나 또는 종양 자체의 특성때문에 유리 핵산 중 종양으로부터 기원한 핵산의 비율이 매우 낮게 존재하는 경우가 많다. 그러므로 해당 암종의 유전체 프로파일링 특성이 ctDNA 결과에서도 일관되게 관찰되는지 확인하는 과정은 ctDNA 해석에 도움이 된다. 예를 들어 TP53 유전자 돌연변이는 고등급장액성난소암 환자의 96%에서 관찰되므로 ctDNA 결과에서 이러한 특성을 확인함으로써 분석된 DNA가 종양으로부터 유래한 것인지 확인하는데 도움이 된다. 본 기관에서 시행한 난소암 환자 모두에서 TP53 변이를 확인할 수 있었으며 이 중 29%에서 PARP 억제재 치료 결정에 직접적인 도움을 줄 수 있는 BRCA1 유전자의 병인성 변이 (tier I)를 함께 검출할 수 있었다.

NCCN 가이드라인에서는 진행성 또는 전이성 폐암에서 EGFR, ALK, ROS1, BRAF 등의 주요 생체표지자를 포함한 분자유전학적 프로파일링을 권고하고 있는데 실제 이런 환자에서 조직 검체 채취가 어려운 경우가 많기 때문에 NCCN 가이드라인의 'Principles of molecular and biomarker analysis' 섹션에서 ctDNA 적응증을 구체적으로 제시하고 있다. 본 저자는 1세대 또는 2세대 EGFR tyrosine kinase inhibitor (TKI) 치료 후 질병이 진행된 39명의 환자를 대상으로 Oncomine pan￾cancer cell-free 패널을 이용하여 NGS 분석을 수행한 결과(unpublished data) EGFR 활성화 변이를 76.9%, 3세대 TKI의 표적이 되는 T790M 변이를 35.8%의 빈도로 검출하였다. T790M 변이 이외에 EGFR TKI 저항성과 연관된 KRAS 변이, PIK3CA 변이 BRAF 변이, ERBB2 변이, EGFR 증폭, EGFR/CDK4 증폭, CDK6/KRAS/CCND1 증폭, EGFR/CDK6 증폭, ERBB2 증폭 등이 단독 또는 T790M 변이와 함께 관찰되었다. ERBB2 활성화 변이와 같이 최근 NCCN 가이드라인에서는 전이성 비소세포암에서 검사가 권고되는 새로운 생체표지자를 지속적으로 업데이트 하고 있으며, 위와 같은 새로운 저항성 획득 기전을 표적으로 다양한 글로벌 임상 시험이 진행 중에 있다. 이에 따라 환자에게 좀 더 포괄적인 검사 결과를 제공할 수 있는 Pan-cancer 판넬을 이용한 ctDNA 검사가 임상적으로 유용하게 활용될 것으로 생각된다.